大批量的出口大米通常需作船舶熏蒸處理。目前用于船舶熏蒸的藥劑主要有溴甲烷、磷化鋁2種，而熏蒸方式有“在港”與“隨航”2種。在港熏蒸時，糊封、投藥、密閉、散氣等熏蒸的各個程序都在港內完成；隨航熏蒸則是在糊封、投藥，作適時監測后，貨艙保持密閉狀態，船舶離港在航行途中完成散氣程序。由于溴甲烷藥性發揮迅速，其密閉時間一般只需30小時左右，磷化鋁藥性發揮緩慢，密閉時間通常需要5天以上，因此實際采用的主要有磷化鋁隨航熏蒸與溴甲烷在港熏蒸2種形式。因為特殊情況也曾采用過磷化鋁在港熏蒸與溴甲烷隨航熏蒸，如1994年出口到日本的大米因航程較短，全部采用了磷化鋁在港熏蒸。
　　對出口大米的船舶熏蒸都需作動植物檢疫監管。進行在港熏蒸時，檢疫人員需對熏蒸的全過程實施監管，并分艙安放蟲樣，在散氣之前檢查蟲樣的死活，以確證熏蒸效果，在全部蟲樣死亡之后才允散氣。進行隨航熏蒸時，檢疫人員對糊封、投藥情況實施監管，并在投藥后監測8－10小時，無異常情況可允船舶離港。根據需要檢疫人員有時隨船繼續監管熏蒸過程，直至散氣完畢，抵目的港后另行返回。

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