我國在國際多式聯運中存在的問題：
　　(1). 相互交叉重疊，缺乏系統性和可操作性
　　(2). 服務意識差、手續繁雜
　　有關管理部門的服務意識差、手續繁雜，一些相關部門仍靠收費補貼行政開支，收費名目繁多致使航運企業負擔過重.
　　(3). 不同運輸方式的競爭
　　盡管各個運輸之間沒有必然的聯系,但隨著我國鐵路運輸網絡的完善、大范圍的提速和服務的改善，以及我國高速公路的快速發展與在合理的運輸半徑內的絕對優勢，使水路集裝箱短途運輸將面臨強有力的競爭.
　　而面對不同的運輸方式帶來的壓力，承運商為了招攬生意,使市場上出現許多諸如非法手段攬貨、競相壓價、行業壟斷等不規范行為，出現某種程度的無序競爭狀態 .
　　(4). 碼頭基礎設施、技術裝備落后
　　我國沿海中小港口以及內河港口基本上是以多用途碼頭、雜貨碼頭裝卸集裝箱，碼頭基礎設施、技術裝備落后。內河航道等級總體上較低，不能適應集裝箱機動駁快速化和深水化的要求；聯結內陸鐵路、中轉站、貨場和集卡等設備不足，綜合運輸服務能力較差.
　　(5). 海關監管方面
　　在海關監管方面，特別是不同關區之間的協調，中轉手續，出口箱出境證明，報關單回執聯的簽退周期等方面的工作還有待改善，以使其更加有效、更加簡便。各關區之間加強聯系，協調一致，減少中間環節，簡化一些煩瑣的手續.
　　(6). 信息管理手段運用不足
　　我國集裝箱內支線運輸管理中先進的信息管理手段運用不足，大多數港口還是采用原始的手工數據處理方式，運輸單證與信息不標準，流轉慢，各環節銜接不順.
　　國際多式聯運在我國改革探究比如說， 規范國內海上集裝箱運輸.建立準入線，由報備制改為申報核準式，如船東資質、運力規格、包括規范船舶安全證書審驗、上線與下線的條件、經營航線與區域的能力，或者可制定大、中、小三類船公司的競爭合作優勢、互補的優惠條件等.