政府方面監管不力。由于有關政府部門對建設項目的投資監管不力，使得建設項目巨大的資金缺口和工程款無法支付的風險通過墊資施工的方式由建設單位轉嫁給了施工單位。此外，工程所在地政府出于地方保護的原因會干擾和阻撓承包方索要工程款，這便使得施工單位很難通過在工程所在地進行仲裁或訴訟獲取工程款（包括墊資款）。
　　建設單位本身的支付能力及商業風險。建設開發單位用于項目建設的資金通常大部分來自銀行貸款和在建房地產項目的預售所得的房款。但如果建設單位將貸款及售房款等挪作他用，或者遭遇房地產項目無法順利預售和銷售的商業風險時，施工單位在建項目的工程款便無從落實。

　　施工合同條款設計存在不利于施工方的缺陷。為了能承攬到建設項目，施工企業往往壓低自己的中標和承包條件。其中除了最普遍的附加墊資施工的承諾外，同時也會在合同條款上作出諸多對自己極為不利的讓步，如，沒有要求發包方提供工程款履約擔保，承諾的墊資期間過長等，這些約定都大大增加了承包方墊資款無法收回的風險。
　　行使工程款優先權存在一定的阻礙。1999年頒布的《合同法》第286條及最高人民法院對該條作出的司法解釋明確了承包人對工程價款的優先權。但施工企業在行使優權過程中卻遇到了一定的法律障礙，主要是：
　　優先權不得對抗一定條件下作為消費者的買受人。最高人民法院關于《合同法》第286條的司法解釋第2條規定，消費者交付購買商品房的全部或者大部分款項后，承包人就該商品房享有的工程價款優先受償權不得對抗買受人。由此，即使沒有辦理房產過戶手續，在對發包人開發的工程項目進行拍賣后，承包人的工程價款也必須在消費者的購房款得以受償后方可受償。
　　墊資款是否享有優先權尚存在爭議。從最高人民法院關于《合同法》第286條的司法解釋第3條的規定來看，享有優先權的墊資款應僅限于已實際用于工程建設即已物化到建設工程中去的部分。故未實際用于工程建設的墊資款原則上不應享有優先權。而有些人甚至主張墊資款一律不享有優先權。