套利者和套期保值者都是建立了兩個方向相反的交易部位，在對沖之后，用一個交易部位的盈利彌補另外一個交易部位的虧損。但是，套利交易和套期保值有著根本的區別，主要表現在以下幾個方面：
兩者的目的不同
套利交易的主要目的是在承擔較小風險的同時，獲得較為穩定的利潤。而套期保值的目的是轉移市場風險，并不以盈利為目的。在很多套期保值的成功案例中，期貨部位往往是虧損的，但只要期貨與現貨兩個市場的盈虧基本相抵，就達到了套期保值鎖定風險的目的。
兩者的基礎不同
套期保值者一般是在現貨市場上持有頭寸，或者預期將持有現貨頭寸，因而在期貨市場上建立反向的期貨頭寸以管理現貨風險，也就是說，如果沒有現貨市場的交易需求，就不會持有期貨部位。而套利則不同，其所持有的多頭部位、空頭部位以及現貨部位都是套利交易的一部分，套利者從這些頭寸的相對價格差異中獲得利潤。
兩者涉及的市場范圍不同
套期保值只涉及現貨和期貨兩個市場。而在套利交易中，交易者既可在期貨和現貨市場同時操作進行期現套利，也可僅在期貨市場進行套利：或在同一品種不同交割月之間進行跨期套利，或在不同品種同一交割月之間進行跨品種套利，或在不同的期貨市場之間進行跨市場套利。
兩者的依據不同
套期保值依據的是期貨市場和現貨市場價格變動的一致性，并且變動的趨勢、幅度越一致，套期保值的效果越好；而套利交易者利用的期貨與現貨之間，或者期貨合約之間的價格出現的不合理偏差來獲取套利利潤的，并且這種不合理的價差越大，套利交易的利潤就越大