由此，《黃帝內經》依據天地同律的原則創建了的獨特的五運六氣歷。這種歷法特別注意氣候變化、人體生理現象與時間周期的關系，是《內經》學術中時空合一理念的集中表達，從非常廣泛的時空角度反映了天地人之統一，反映了人與天之間存在著隨應而動和制天而用的統一。
　　
　　就一年四時而言，春生、夏長、秋收、冬藏，是氣之常也。人亦應之。（《靈樞·順氣一日分為四時》）人的生理功能活動隨春夏秋冬四季的變更而發生生長收藏的相應變化。
　　
　　就一年十二月而言，正月二月，天氣始言，地氣始發，人氣在肝。三月四月，天氣正方，地氣定發，人氣在脾。五月六月，天氣盛，地氣高，人氣在頭。七月八月，陰氣始殺，人氣在肺。九月十月，陰氣始冰，地氣始閉，人氣在心。十一月十二月，冰復，地氣合，人氣在腎。（《素問·診要經終論》）隨著月份的推移，人氣在不同部位發揮作用。
　　
　　就一日而言，陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉。（《素問·生氣通天論》）隨著自然界陽氣的消長變化，人體的陽氣發生相應的改變。
　　
　　二、天人合一的醫學內涵
　　
　　《內經》天地人系統中的人與天相通的總原則是：同氣相求，同類相應。順則為利，逆則為害。《淮南子·精神訓》曰：天地運而相通，萬物總而為一。運而相通指運動過程中的相通關系，而不是靜態空間里的結構聯系。總而為一指運動方式的同氣相求，而不是物質結構的等量齊觀。
　　
　　即，天人合一的醫學內涵主要是指人作為小宇宙是如何與天地這個大宇宙相應的，其中，人天同構是《內經》天人合一觀的最粗淺的層次，人天同象與同類則是中醫取象比類思想的具體體現，人天同數則是人與天氣運數理的相應。總之，這是將生命過程及其運動方式與自然規律進行類比，是以自然法則為基質，以人事法則為歸宿的系統理論。
　　
　　1、人天同構
　　
　　人天同構是《內經》天人合一觀的最粗淺的層面。《內經》認為人的身體結構體現了天地的結構。
　　
　　例如《靈樞·邪客》說：天圓地方，人頭圓足方以應之。天有日月，人有兩目。地有九州，人有九竅。天有風雨，人有喜怒。天有雷電，人有音聲。天有四時，人有四肢。天有五音，人有五藏。天有六律，人有六府。天有冬夏，人有寒熱。天有十日，人有手十指。辰有十二，人有足十指、莖、垂以應之；女子不足二節，以抱人形。天有陰陽，人有夫妻。歲有三百六十五日，人有三百六十節。地有高山，人有肩膝。地有深谷，人有腋腘。地有十二經水，人有十二經脈。地有泉脈，人有衛氣。地有草蓂，人有毫毛。天有晝夜，人有臥起。天有列星，人有牙齒。地有小山，人有小節。地有山石，人有高骨。地有林木，人有募筋。地有聚邑，人有蜠肉。歲有十二月，人有十二節。地有四時不生草，人有無子。此人與天地相應者也。
　　
　　這里把人體形態結構與天地萬物一一對應起來。人體的結構可以在自然界中找到相對應的東西，人體仿佛是天地的縮影。其目的在于強調人的存在與自然存在的統一性。
　　
　　2、人天同類
　　
　　我們知道，大談天人、古今，并尋求其中相通而互感的共同律則，是漢代的時代精神。《漢書·董仲舒傳》曰：天人之征，古今之道也。孔子作春秋，上揆之天道，下質諸人情，參之于古，考之于今。《素問·氣交變大論》曰：善言天者，必應于人。善言古者，必驗于今。善言氣者，必彰于物。善言應者，因天地之化。善言化言變者，通神明之理。
　　
　　在中國古代哲學中，天人與古今總連在一起，這種把自然哲學與歷史哲學混合起來的現象，是中國哲學的重要特點。
　　
　　但《內經》所強調的人天同類與董仲舒輩的神秘的天人感應不盡相同。《素問·金匱真言論》、《素問·陰陽應象大論》等篇中的五行歸類，是根于事物內在的運動方式、狀態或顯象的同一性。如《素問·金匱真言論》曰：東方青色，入通于肝，開竅于目……其應四時，上為歲星……其臭臊。是將在天的方位、季節、氣候、星宿、生成數，在地的品類、五谷、五畜、五音、五色、五味、五臭，在人的五藏、五聲、五志、病變、病位等進行五行歸類，這樣就可以通過類別之間象的普遍聯系，來識別同類運動方式的共同特征及其相互作用規律。是同氣相求，而不是物質結構的等量齊觀。
　　
　　另，《靈樞·通天》還以陰陽為原則將人分為太陰、少陰、太陽、少陽、陰陽和平五類，認為太陰之人多陰而無陽，少陰之人多陰少陽，太陽之人多陽而少陰，少陽之人多陽少陰，陰陽和平之人陰陽之氣和。這種將先天陰陽之氣作為人性的基礎，是先秦諸子人性論所未涉及的。作為醫學著作，《內經》并不太關注人性的社會性以及人性是否可以改變等問題，而是以氣論人性，從先天生理因素尋找人性的根據，關注五態之人的發病及其治法，為養生治療提供理論指導。
　　
　　3、人天同象
　　
　　從天人合一觀念出發的傳統文化與中醫學都表現為重道、重神、重無、重和諧、重勢，其核心則是象與數，如果對象數無知，則意味著對華夏文明的無知，更不能全面地理解和詮釋中醫學。[3]
　　
　　所謂象，指的是經驗的形象化和系統化。象的特征是動態的，不是單純地模仿其形，而是模仿其變。象還是全息的，萬事萬物息息相關。就《內經》而言，藏象系統就是通過生命活動之象的變化和取象比類的方法說明五藏之間以及與其他生命活動方式之間的相互聯系和相互作用規律的理論。
　　
　　其中，象又分為法象、氣象、形象。法象莫大乎天地（《周易》），舉例言，陽中之太陽，通于夏氣（《素問·六節藏象論》），為法象；陰陽四時，其華在面（同上），為所見氣象；其充在血脈（同上）為所見形象。藏象理論作為《內經》理論最為重要的理論基礎之一，是將五藏聯系六腑、五官、五體、五志、五聲、五情，以五行理論進行闡釋的五大象的系統，并完全表現為一種天人合一的綜合功能。這是一種自覺的而不是自發的努力，旨在指出人體內部與人體外部都是按照陰陽五行這一基本法則統一、整合起來的。[4]由此可以看出，藏象是一個含有哲學與科學雙重意義的概念。