陰陽學說作為一種方法論，廣泛應用于中醫學的各個方面，主要是用以說明人體的組織結構、生理功能、病理變化，并指導臨床的診斷和治療用藥。茲分述如下：

　　說明人體的組織結構

　　陰陽學說在闡釋人體的組織結構時，認為人體是一個對立統一的有機整體，其一切組織結構既彼此相互聯系，密切合作，又可劃分為相互對立的陰陽兩部分，并運用陰陽對立制約的關系進行具體分析。正如《素問·寶命全形論》所說：“人生有形，不離陰陽。”

　　1. 部位與結構的陰陽屬性：就人體的部位與組織結構來說，則外為陽，內為陰；背為陽，腹為陰；頭部為陽，足部為陰；體表為陽，內臟為陰。體表中之皮膚為陽，肌肉筋骨為陰；臟腑中六腑為陽，五臟為陰；五臟之中心肝為陽，肺脾腎為陰。而具體到每一個臟腑，則又有陰陽可分，如心有心陽、心陰；腎有腎陽、腎陰；胃有胃陽、胃陰等。這些陰陽屬性的劃分，主要是由臟腑組織所在的位置、生理功能特點等所決定的。

　　2. 氣血津液的陰陽屬性：氣血津液是構成人體和維持人體生命活動的基本物質。就氣與血來講，則氣為陽，血為陰；在氣中，則衛氣為陽，營氣為陰。這些劃分，即是根據氣是無形的物質，有推動、溫煦的生理作用；血是有形的液態物質，有滋養、濡潤的生理作用等而定的。至于津液，則津清稀而薄，故屬陽；液則稠厚而濁，故屬陰。同樣也是根據其性態而定。

　　3. 經絡循行的陰陽屬性：就經絡系統循行部位來說，則循行于人體四肢外側及背部者屬陽（如手足三陽經），而循行于人體四肢內側及腹部者則多屬陰（如手足三陰經），只有足陽明胃經循行于腹部。

　　4. 組織結構陰陽屬性的相對性：人體各部位、各種組織結構、各臟腑之陰陽屬性不是絕對的，而是相對的，它們常根據一定條件的改變而改變。如以胸背關系來說，則背屬陽，胸屬陰；若以胸腹上下關系來講，則胸又屬陽，腹則屬陰。同樣，五臟陰陽屬性，若以上下來分，則心肺在上屬陽，心為陽中之陽臟，肺為陽中之陰臟；肝脾腎在下屬陰，肝為陰中之陽臟，腎為陰中之陰臟，脾亦為陰中之陰臟（又稱“至陰”）。脾屬太陰，太陰為三陰之始，故脾為至陰。

　　總之，人體的上下、內外、表里、組織結構之間，以及每一組織器官本身，無不包含著陰陽的對立統一。而人體部位、組織、結構、器官的屬陰、屬陽，只是其相對屬性的一般歸類而已。

　　說明人體的生理功能

　　中醫學認為，人體正常的生命活動，是機體陰陽兩方面對立統一協調平衡的結果。人體的生理功能，亦是用陰陽學說來加以概括和說明的。主要表現為機體防御邪氣侵襲的整體衛外機能，以及臟腑組織的功能活動等方面。

　　1. 體現在機體的防御功能方面：陽氣在外，具有保護機體內部組織器官的衛外機能。陰精在內，是陽氣的物質基礎，并為陽氣不斷地儲備和提供能量補充。故《素問·陰陽應象大論》說：“陰在內，陽之守也；陽在外，陰之使也。”《素問·生氣通天論》亦說：“陰者，藏精而起亟也；陽者，衛外而為固也。”

　　2. 體現在臟腑功能活動方面：一般來說，五臟主藏精氣為陰，六腑能消化、傳導飲食水谷為陽。而每一臟腑中又各有陰陽，凡屬功能活動則屬陽，而產生這些功能活動的臟器和精氣則屬陰。

　　此外，中醫學亦用陰陽關系來闡述具體的生理過程。

　　3. 陰陽相對平衡的生理意義：中醫學對于生理上的陰陽關系，主要強調其相互協調和平衡。故《素問·生氣通天論》說：“陰平陽秘，精神乃治。”若陰陽失去平衡，出現偏盛偏衰則為病理狀態，而一旦陰陽不能相互依附、相互為用而分離，則“陰陽離決，精氣乃絕”，其生命活動也就因此而告終。可以看出，中醫學是從整體、系統水平來闡述人體的生理功能的，認為人體正常的生命活動，正是由于陰陽兩個方面保持著對立統一的協調關系，并處于相對的動態平衡狀態的結果。天人相應，是指人體的臟腑經絡功能活動與自然界四時氣候的變化相互適應而言，而中醫學這種人與自然相應的理論，亦是建立在自然界的陰陽消長運動與人體的陰陽消長活動相互適應的基礎之上的。

　　說明人體的病理變化

　　1. 人體的基本病理變化是陰陽失調：中醫病機學認為，疾病的發生是人體的陰陽關系由于某種因素的影響失去相對的平衡協調，從而出現偏盛偏衰的結果，疾病的發生，關系到邪、正兩方面。正氣與邪氣，以及它們相互作用、相互斗爭的關系，都可以用陰陽來加以概括說明，病邪有陰邪、陽邪之分，正氣則包括陰精與陽氣兩部分。所以，病理上的陰陽失調，多表現為某一方面的偏盛偏衰。且一方面之異常，亦必影響及另一方面。一般來講，外感邪盛多使機體陰陽某一方面偏亢，而使另一方面受損；內傷體衰則可導致機體某一方面不足，使之低于正常水平，從而形成另一方面的相對偏亢，因此，盡管疾病的變化錯綜復雜，但就其陰陽狀態來說，不外陽盛、陰盛、陽虛、陰虛等四大類病變。

　　2. 陰陽盛衰的病理表現：《素問·陰陽應象大論》指出“陽勝則熱，陰勝則寒”，《素問·調經論》亦說：“陽虛則外寒，陰虛則內熱；陽盛則外熱，陰盛則內寒。”

　　3. 陰陽互損及轉化在病理上之體現：中醫病機學認為，在疾病的發生、發展過程中，機體陰精陽氣任何一方虛損到一定的程度，亦常導致對方之不足，即所謂“陽損及陰”或“陰損及陽”，最后都能導致“陰陽兩虛”，氣血雙虧，此即慢性虛性病證常見的病理發展過程。至于陰陽轉化在疾病證候上之反映，諸如實熱證轉化為虛寒證；陰寒證轉化成陽熱證等，都是常見的，已如前述，不再重復。

　　用于臨床診法辨證

　　1. 察色按脈，先別陰陽：臨床疾病，根據其證候反映，可以概括為陰證和陽證兩大類。臨床的病證反映盡管錯綜復雜，但是對于疾病的診察，則可以根據陰陽變化的規律來加以分析、歸納和判斷，以此來認識和探討疾病的本質。故《素問·陰陽應象大論》說：“善診者，察色按脈，先別陰陽。”說明中醫學的望、聞、問、切四診方法，首當辨別陰陽。

　　2. 陰陽為辨證之總綱：所謂辨證，即是把通過四診所獲得的多種多樣的癥狀、體征及病情資料，進行客觀地分析與判斷，從而對疾病的原因、病位、病性、邪正關系等得出正確的認識，判斷為某種病證的一種診斷方法。中醫的診斷學以陰陽作為辨證的綱領，以分辨和判斷疾病的表里、寒熱或虛實。故凡表證、實證、熱證都屬陽證；凡屬里證、虛證、寒證都屬陰證。所以，臨床病證雖然千變萬化，總不出陰陽兩綱的范圍。

　　指導臨床治療用藥

　　《素問·至真要大論》說：“謹察陰陽所在而調之，以平為期。”即是說，由于陰陽失調是疾病發生、發展的基本病機，因此，調理陰陽，補偏救弊，創造條件，使其失調的陰陽關系向著協調的方面轉化，在新的基礎上，恢復陰陽的相對平衡，即是中醫臨床治療的基本原則。

　　由于疾病表現不一，本質不同，故其治療方法亦多種多樣，中醫臨床根據協調陰陽的精神，提出了“寒者熱之”、“熱者寒之”、“虛則補之”、“實則瀉之”（《素問·至真要大論》），以及“陽病治陰，陰病治陽”（《素問·陰陽應象大論》）等眾多的治療法則。

　　總之，治療的基本原則，就是有余者瀉，不足者補，從而使陰陽的偏盛偏衰得以糾正，使之在新的基礎上達到恢復陰陽相對平衡之目的。

　　同樣，在歸納藥物的性味功能上，陰陽亦具有重要的意義，并可作為指導臨床用藥的依據。藥物的四氣、五味，以及升降浮沉等一般性能，都具有陰陽的不同屬性。所以，臨床用藥必須注意病證陰陽與藥物陰陽之關系，正確運用藥物的陰陽性能，以改善或調整機體失調的陰陽關系，從而達到治療的目的。