中醫學利用五行學說來解釋人體的生理功能，說明機體病理變化，用于疾病的診斷和治療。

五行學說將人體的五臟六腑分別歸屬于五行。從五臟的資生來看，腎水之精以養肝木，肝木藏血以濟心火，心火之熱以溫脾土，脾土化生水谷精微以充肺金，肺金清肅下降以助腎水。這說明了五臟之間的相生關系。從五臟之間的相互制約來看，肺氣清肅下降，可以抑制肝陽上亢，即金克木；肝氣條達，可以疏泄脾土的郁滯，即木克土；脾的運化，可以避免腎水的泛濫，即土克水；腎水的滋潤，能夠防止心火的亢烈，即水克火；而心火的陽熱，可以制約肺金清肅的太過，即火克金。中醫學還用五行學說來說明人體與自然環境及氣候、飲食等的關系。

人體在病理情況下的改變，也是可以用五行學說來說明的。由于臟腑分屬五行，臟腑之間的相互影響，也是依據五行學說的規律的。如肝病傳脾，即木乘土；而脾病及肝，即土侮木；而肝脾之間的相互病理影響，則為木郁土虛或土雍木郁。肝病影響到心，為母病及子；影響肺，即木侮金；影響腎，即子病及母。

依靠中醫望、聞、問、切四診方法所獲得的信息均有其五行歸屬，據此，可以綜合判斷患者的疾病。比如，患者面色發青，喜食酸食，脈弦，則可診為肝病；面色紅，口中苦，脈洪大，可診斷為心火旺。又如，痙攣拘急抽風，根據五行歸類屬木病，從人體臟腑來看，可診斷為肝病；全身水腫，小便不利，五行歸類屬水病，而病位可定為腎。

根據五行學說，治療疾病時不僅要考慮發生病變的臟腑本身，還應根據臟腑之間的生克關系，控制疾病的傳變。正如《難經》所論述的：“見肝之病，則知肝當傳之于脾，當先實脾。”