自從西晉皇甫謐《針灸甲乙經·序》第一次提到《神農本草經》書名之后，張華《博物志》將其簡言之為《神農經》，其中傳載藥物的內容經南朝齊梁陶弘景對當時載藥分別為“595種、441種、319種”，至少三種不同傳本的《神農本草經》進行整合，從中選定了365味藥物及其內容，又從《名醫別錄》中選擇了365味藥物及其內容，共計730種，在保留上、中、下三品分類的基礎上，根據藥物的自然狀態及臨床所用，創造性地將藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名無用七大類。陶氏為了區分兩種底本不同資料源的內容，采用“朱文”和“墨文”兩色書寫方式予以標記，這為后世識別《神農本草經》的原貌有十分重要的文獻學價值。這就是他所說的“苞綜諸經，研括煩省，以《神農本草經》三品，合三百六十五種為主”(《本草經集注·序》)，此乃“法三百六十五度，一度應一日，以成一歲”（《神農本草經·序》）。顯然，“三百六十五種”之數是陶弘景確定的，《神農本草經·序》文中的“三百六十五種，法三百六十五度”也應當是出于陶氏之筆，只要認真研讀兩書之序，是不難得出這一結論的。

《隋書·經籍志》雖然轉引了梁國阮孝緒《七錄》中的五種《神農本草經》和9種《本草經》書名，但卻無法知曉這14種古“本草”文獻的具體內容。唐初經蘇敬等人在陶弘景《本草經集注》的基礎上，補充了隋唐時期所增的藥物，修編了世界上第一部由政府頒行的藥典——《新修本草》（公元659年），又稱為《唐本草》，共54卷，收載850種藥物，并將陶氏的七類分法調整為玉、石、草、木、禽獸、蟲魚、果、菜、米谷和有名無用9類。在此同時，蘇敬等人又親自繪制和征集了相應的藥圖，編著了第一部藥物圖譜，這就是世傳的《本草圖經》。作為獨立傳本的《神農本草經》在《唐書·藝文志》中仍著錄有3卷本和署名雷公集注的4卷本兩種。為何從隋代至唐代著錄的《神農本草經》傳本數目減少了呢？最主要的個中原因是經過陶弘景和蘇敬等人的精心整理修訂，使本草的內容趨于全面、詳盡、適用、規范，未經過整治的古本《神農本草經》也就失去了存世的價值。這可能是著錄數量減少的最主要因素。其次，因戰亂丟失，以及唐以前的各類文獻書籍均為手抄本而不便于收藏等，也是十分可能的原因。

北宋初期，經劉翰等人，取《新修本草》、《蜀本草》校訂，又參以《本草拾遺》內容，修編成《開元本草》（公元973年）。次年李昉予以重新修訂，名曰《重訂開元本草》，據其序言稱：鏤版時“以白字為‘神農’（注：指《神農本草經》）所說，以黑字為‘名醫’（注：指《名醫別錄》）所傳，‘唐’（注：指《新修本草》，又名《唐本草》）附。今附（注：指《重訂天寶本草》所增），各加顯注，詳其解釋”，全書共收載藥物983種，此書已佚，但其內容被收錄于唐慎微的《經史證類備急本草》。可見，《重訂開元本草》收錄《神農本草經》內容可能有三個途徑：一是此書作者在修編時還見到《唐書·藝文志》注錄中的《神農本草經》原著，因為在李昉編撰的《太平御覽》（公元976年~983年）所載《經史》圖書綱目中還有《神農本草經》的書名。李昉對《重訂開元本草》重新修訂時參閱了該書內容，其“序”言之“以‘白’字為‘神農’所說”亦可為此判斷之佐證。二是憑借《新修本草》中傳載的相關內容。三是依據陶弘景《本草經集注》的內容。

之所以認為《重訂開元本草》中有關《神農本草經》的內容取材于《本草經集注》的判斷有兩點理由：其一，陶弘景的《本草經集注》是從《神農本草經》和《名醫別錄》中各選365種藥物集注而成，而《重訂開元本草》所載的983種藥物內容也是以這兩書為主。其二，李昉等人借鑒了陶氏以朱、黑兩色區別不同資料源的做法，讓當時及后來者能識別《神農本草經》的古樸風貌。雖然《神農本草經》在北宋初期還尚存于世，但在天圣年間編撰的《崇文總目》（公元1023年~1031年）以及嘉祐五年（公元1060年）掌禹錫編著的《嘉祐補注本草》所引《書傳》中均無其書名，說明在北宋中期，此書已經亡佚，這也就是《宋史·藝文志》中沒有著錄的緣由了。