巫與醫是同源的，從字型上看，醫最初寫作“璧”，下面是巫字。最早的時候，巫醫是一個具有兩重身份的人。既能交通鬼神，又兼及醫藥，是比一般巫師更專門于醫藥的人物。從殷墟甲骨文所見，殷周時期的巫醫治病，在形式上看是用巫術，造成一種巫術氣氛，對患者有安慰、精神支持的心理作用，但真正治療身體上的病，還是借用藥物，或采取技術性治療。

據《周禮》記載，當時朝廷有在大史之下設“掌醫之政令”，并有食醫、疾醫(內科)、瘍醫(外科)、獸醫等醫學分科，標志著巫、醫開始分家，司巫的職能在政權機構中的作用逐漸削弱。從此巫師不再承擔治病救人的職責，只是問求鬼神、占卜吉兇。而大夫(醫生)也不再求神問鬼，只負責救死扶傷、懸壺濟世。周代的醫學理論思維也提高到了一個新的階段。《尚書．洪苑》中關于水、火、木、金、土五行學說，《周易》中關于陰陽對立雙方的概括，是在巫術神學還占主導地位的條件下產生的具樸素唯物主義和辯證法思想形成的突破。在西周也有“以五味、五谷、五藥養其病，以五氣、五聲、五色視其死生’’的記載。