有生命之門的含義，它是人體生命的根本和維持生命的要素，命門學說是臟腑學說的組成部份。在五臟中大都是單一的臟器，只是腎是兩枚，古代醫學家多推崇《難經》“左者為腎，右者為命門“的說法。但賓際上兩腎從外形到組織結構均無差異，故虞摶《醫學正傳》反對這種說法，認為不可獨指右腎為命門，主張兩腎“總號為命門“。有的根據命門穴在十四椎下陷中的部位，認為命門是在兩腎之間，具體體現為“腎間動氣”（指兩腎間所產生的人體動力來源。），也就是命門之火。因為腎為“水臟”，這是水中之火，乃先天之真氣，此氣自下而上，與后天的胃氣相接，由此而生生不息。
　　
　　命門的作用，概括而言：命門為元氣的根本，是人體產生熱能的發源地；能幫助三焦的氣化；命門之火有煖脾胃，幫助飲食消化的作用；和人體的性機能和生殖系統密切相關，命門之火（屬相火）不足或偏亢，均可產生病態；有納氣作用，與呼吸系統的功能密切相關。
　　
　　據中國某一醫學院臟象專題研究會有關腎的研皖，發現六種不同的疾病，凡辯證為腎陽虛者，均有尿17-羥皮質類固醇值低下的現象，在採用ATCH二日靜脈滴注試驗后，發現腎陽虛病人半數為延遲反應，提示腎陽虛病人有垂體--腎上腺皮質系統興奮性低下。以此假定再試用于臨床，在雖無明顯腎虛癥狀的腎上腺皮質儲備功能低下及長期用激素不易撤藥的哮喘患者（這類患者已知有垂體--腎上腺皮質系統興奮性低下，試用前停用激素）的二種疾病例證中，採用補腎治療，獲得顯著療效，說明這一假定得到了實踐的初步驗證。