在2001年試運行的基礎上，從2003年起，昆明理工規定凡進入基地聯合培養的全日制博士、碩士研究生均采取“雙導師”制，即由基地出任的導師作為第一導師，主要負責研究生的畢業課題；由校方出任的導師作為第二導師，主要負責研究生的課程學習和理論指導。進入基地聯合培養的碩士、博士研究生，其主要骨干課程的學習、論文答辯、學位授予由學校研究生院負責，部分專業課程的學習和畢業論文的研究工作由基地負責。學生入校的半年至一年為課程學習階段，后一年半或是兩年半時間為基地現場學習和論文課題階段。

　　該校校長周榮說，“雙導師”制使學校與企業實現了“雙贏”。企業及科研院所的科研任務重，但高層次的人力資源不足，而學校的科研課題又難以在生產一線開展。實行“雙導師”制后，由于研究生的參與，企業能夠完成高質量、高標準的課題；對于學校而言，研究課題的選題來源、研究成果的水平及生產應用價值、學位論文的質量均得到明顯的提高，并架起了學校與企業的橋梁。