隨著中醫學理論框架的建立，治療技術也得到相應的發展提高。在整體觀念與辨證論治理論的指導下，中醫學確立了一整套治療原則。如治病求本、正治反治、扶正祛邪、標本緩急及調整陰陽等，《內經》中有較全面的論述。在治療手段方面，《內經》提出了十幾種治療方法，如飲藥、刺法、灸法、熏洗、熱熨、吐納、導引、按摩、食療、意療等等，而《傷寒雜病論》提出了除內服給藥外的14種用藥方法，即洗身法、藥摩法、含咽法、著舌下法、點絡法、坐浴法、坐藥法、煙熏法、漬腳法、外擦法、蜜煎導法、搐鼻法、灌耳法、灰埋法。這都標志著當時的醫療技術已經發展到一個較高的水平。在當時諸多治療方法中，飲藥與針灸發展最快，取得的成就也最大。

　　由于辨證論治這一臨床治療體系的確立，藥物療法從單一的“對癥治療”發展為有規律的用藥，并多采用按一定法度組成的復方，從而提高了治療效果，也推動了對藥物的深入研究。

　　藥物研究方面的重大進展，主要表現為《神農本草經》的成書。

　　《神農本草經》記載了365種藥物，并根據藥物毒性的大小分為上、中、下三品：上品藥無毒，主益氣；中品藥或有毒或無毒，主治病、補虛；下品藥有毒，主除病邪、破積聚，不可久服。該書不但準確記載了每種藥物的性能、主治，為臨床用藥提供了方便，而更重要的是提出了“四氣五味”的藥性理論，明確了“療寒以熱藥，療熱以寒藥”的用藥原則，使藥理學說與病理學說密切結合，使中醫學理論體系更加充實。同時，該書提出單行、相須、相使、相畏、相惡、相反、相殺等“七情和合”的藥物配伍理論，為組方提供了重要的理論依據。

　　藥物理論的提高，促進了方劑的發展。雖《內經》僅載13方，而先于《內經》的《五十二病方》約載有方劑280余首。這些方劑是古代醫學家治病經驗的總結，反映了漢代以前的方劑學成就。然按照中醫辨證論治理論組方療病者，當推張機的《傷寒雜病論》。該書現分為兩部分，其中《傷寒論》部分載方113首，《金匱要略》部分載方262首。去其重復者，實載方269首。張氏因證立法，以法組方，隨方選藥。所用方劑，君臣佐使，配伍謹嚴，療效確鑿，故被奉為“經方”。該書則被譽為“方書之祖”。

　　中醫的針灸療法早于藥物療法。針灸療法約產生于新石器時期，春秋戰國時期有了較快的發展。當時的許多著名醫生都用針灸治療疾病，如戰國時期的扁鵲就善于針灸。他用針刺急救了虢太子的尸厥病，用砭石割除了秦武王面部之疾，等等。

　　《內經》中敘述治療疾病也多用針灸。書中所載治病方法，除了用“毒藥治其內”以外，還有九針、砭石、灸火芮（爇）等方法。對每一個具體疾病的治療，絕大部分采用針刺，而用藥僅有13方。《內經》對針灸理論及穴位的論述頗為詳細，記載了365個腧穴（但實際計算與之不符），并提出“五俞穴”及十二原穴。對于刺法，特別強調補瀉手法，提出逢時補瀉（氣來為瀉，氣去為補）、迎隨補瀉（迎為瀉，隨為補）、疾徐補瀉（疾而徐為瀉，徐而疾為補）、深淺補瀉（深刺為瀉，淺刺為補）、呼吸補瀉（吸進呼退為瀉，呼進吸退為補）、開闔補瀉（開大針孔為瀉，按閉針孔為補）、提插補瀉（上提為瀉，下按為補）等多種操作方法。

　　《內經》在積累了漢代以前針灸方面豐富經驗的基礎上，總結出一些實用理論，對后世針灸術的發展起了重要的奠基作用。

　　中醫系統理論的形成促進了治療技術的發展，而治療技術的進步和藥物方劑學的發展，又進一步驗證理論，修正理論，使中醫理論能更好地指導臨床實踐。從戰國至秦漢時期問世的《黃帝內經》、《難經》、《傷寒雜病論》、《神農本草經》等醫學典籍所載的內容來看，此時的醫學家們不但已構筑起中醫學的理論框架，而且已卓有成效地運用了藥物、針灸等治病技術，并善于理論聯系臨床實踐，在臨床實踐中不斷更新、完善醫學理論，終于形成了中醫學的理、法、方、藥為一體的獨特的醫學理論體系。