《黃帝內經》（簡稱《內經》）的問世，是先秦醫學發展的必然結果。此書約成書于戰國至秦漢時期，東漢至隋唐仍有修訂和補充。《內經》包括《素問》和《靈樞》兩部分，共18卷162篇。它是幾代醫學家共同勞動創造的，是先秦醫學經驗和理論的總結，內容十分豐富。該書全面論述了人與自然的關系，人體的生理、病理及疾病的診斷、防治等，不但為中醫學理論體系的確立奠定了基礎，同時也是中醫學在理論與實踐諸方面繼續發展的基石。

　　《內經》注重整體觀念，既強調人體自身是一個有機整體，又強調人與自然、社會環境密切相關。《內經》認為，人體結構的各個組成部分都不是孤立的，而是彼此相聯的，這種聯系表現在生理與病理、臟腑與經絡等各個方面。《內經》將人體內的臟腑與體表的組織器官一一作了聯系，并認為某一部分發生的局部病變，可以影響到整個身體或其他器官，因而在治療上重視局部與整體的聯系。《內經》又提出了人與自然、社會環境相統一的觀點，人的健康與疾病，直接受到四時氣候變化、地理環境優劣以及社會政治經濟地位變化的影響，因而強調在醫療實踐中，必須因時、因地、因人制宜，才能作出正確的診斷和適宜的治療。

　　《內經》系統地將陰陽五行學說引入醫學領域，以解釋人體的生理功能、病理變化及指導疾病的診斷和防治。《內經》把陰陽的對立統一看成是世界萬物的普遍規律，指出：“陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。”《內經》認為，在正常情況下，人體內的陰陽兩方面是平衡協調的。一旦這種平衡遭到破壞，人體就會生病。論病因，則說“夫邪之生也，或生于陰，或生于陽”（《素問·調經論》）；論發病，則說“合而病至，偏害陰陽”（《素問·著至教論》）；論病機，則概括為：陽勝則熱，陰勝則寒，陽虛則寒，陰虛則熱。診斷時應辨明病證之屬陰屬陽，而治療時則要調整陰陽，使之恢復平衡協調。《內經》運用五行學說，解釋人體的生命活動與自然界變化的關系，將世間各種事物和現象，包括四季氣候的變化、人體的生理病理乃至精神狀態，都分歸于五行中，并認為人體內的臟腑器官也存在著“相生相克”的聯系。因此，《內經》將五行學說引入醫學，其最大的特點就是說明人體各臟腑組織器官，并非彼此孤立，而是相互聯系的。在生理上相互資助，相互制約，維持了人體內環境的穩定及內外環境的統一；在病理上相互影響，一臟有病，可影響其他臟器。這無疑是符合辯證法思想的。

　　《內經》創立了藏象經絡學說。《內經》較詳細地描述了五臟六腑各自不同的生理功能，這是總結了秦漢以前古人整體觀察的結果，并與古代解剖知識相結合得出的。如《內經》指出：“心主身之血脈”：“心者，君主之官也，神明出焉”。前者的發現無疑與當時解剖進步有關，而后者則是通過整體觀察得出的。《內經》在提倡人體解剖的基礎上，更重視用整體觀察的方法來認識臟腑的生理功能，把呼吸、循環、消化、排泄、生殖、免疫、精神等各種功能活動分屬于五臟，從而建立起以五臟為中心的五大生理系統，初步形成了藏象學說。《內經》對經絡學說尤有精辟的論述，不但對十二經脈的循行走向，絡屬臟腑及其所主病癥均有明確記載，而且對奇經八脈、十二經別、十二經筋、十二皮部及十五別絡的走向、分布、功能亦有記敘。與長沙馬王堆漢墓出土的《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》相比，《內經》不僅由十一條經脈發展為十二條經脈，而且其循行走向很有規律，各經之間相互銜接，起到了聯絡表里上下、運行氣血及調節身體各部機能活動的作用。《內經》總結了秦漢以前人們對經絡的認識，并使之系統化、理論化，創立了經絡學說。

　　《難經》是一部與《黃帝內經》相媲美的古典醫籍，相傳系秦越人（扁鵲）所作。該書內容簡要，辨析精微。全書所述以基礎理論為主，涉及生理、病理、診斷、治療等各個方面，尤其對脈學有較詳悉而精當的論述，對經絡學說以及臟腑學說中的命門、三焦的論述，則在《內經》的基礎上有所闡揚和發展。該書補充了《內經》的不足，與《內經》一樣，成為后世指導臨床實踐的理論基礎。

　　《傷寒雜病論》的成書，確立了中醫學辨證論治的原則。該書為東漢時張機（字仲景）所著。他以六經論傷寒，以臟腑辨雜病，提出了“觀其脈證，知犯何逆，隨證治之”的辨證論治原則，使中醫學的基礎理論與臨床實踐緊密結合起來，促進了醫學的進步，為臨床醫學的發展奠定了堅實的基礎。

　　綜上所述，《黃帝內經》討論了整體觀念，將陰陽五行學說引進醫學領域并加以發展，精辟地論述了臟腑經絡，確定了中醫學的基本理論。張機《傷寒雜病論》又確立了辨證論治的原則。因此，秦漢時期這兩部醫學巨著的問世，標志著醫學發展的飛躍，即由原先零散的醫學知識和醫療經驗，上升為系統的理論，并建立起獨特的醫學理論框架，推動著醫學沿著正確方向繼續發展。