人體肛門區域末梢神經豐富，感覺非常敏銳，因手術的創傷均可引起肛門周圍不同程度的末梢神經損傷，手術傷面修復、愈合，繼之瘢痕形成，同時會伴有末梢神經的長入，由于括約肌的痙攣、攣縮或炎癥刺激，即可引起疼痛。中醫認為，手術創傷，可損傷經絡，以致氣滯血瘀，因而引起疼痛。肛瘺患者手術傷面愈合后在半年內有部分病人可出現瘢痕一過性疼痛，短者幾秒鐘，長者數分鐘，或者每于陰天加重，一般不需特殊處理，作好解釋或用溫開水坐浴即可。若疼痛明顯影響生活時，應及時找原手術醫師查看傷面情況，排除有無肛瘺復發、橋形愈合、感染遺留支管等情況，必要時，根據病情再作處理。確無以上情況，可采用每晚中藥坐浴，如當歸、桃仁、紅花、芒硝、大黃、蘇木、金銀花等，以活血化瘀，通絡止痛。