一般說來，孤獨癥患兒的預后好壞與發現疾病苗頭早晚、疾病嚴重程度、早期言語發育情況、認知功能、是否伴有其它疾病、是否用藥、是否訓練等多種因素有關。　
　　心理學研究發現，孤獨癥的實質的損害是認知障礙，表現在早期的分享性注意和扮演行為上。分享性注意是指與他人共同分享對某種事物的興趣，當孤獨癥面對一種物品時不是與他人分享興趣，而是要得到它，這種障礙是孤獨癥的早期癥狀之一。就象在前面第一部分中講到的那樣，不會進行扮演性游戲也是孤獨癥的早期表現之一。如果能發現早期癥狀，進行早期診斷、早期干預和教育無疑會對預后產生積極而有效的影響。　
　　孤獨癥患兒沒有獨立交往的能力，不會根據環境要求改變自己的行為方式來適應環境，這種障礙隨著年齡增大顯得更為突出。伴有嚴重智力低下者，無任何言語功能、無法克制和難以治療的尖叫、自傷等行為持續存在，直接威脅著生存，給教育和干預帶來障礙，作為家長，是很容易辨認出孩子的這些異常的。　yuloo
　　一部分患兒到青春期以后癥狀可有改善，古怪刻板的行為減少，社會交往和適應社會的能力或多或少地提高。但仍表現為與人交往困難，獨來獨往，回避他人；在不涉及社交能力時，也能干好某些簡單、機械的事情。　
　　早期或在確診為孤獨癥之前已有較好的語言或言語功能者預后較好。盡管疾病本身使他們發展語言的潛能受到限制，但他畢竟是具有這種潛能或基礎，使用規范化的語言訓練效果比語言或言語功能差的患者效果好。　
　　Seatmor等觀察到高功能水平孤獨癥預后較低功能水平為好，他報道16名6歲以下，IQ大于65的孤獨癥患兒，有半數可完成大學學業，能獨立生活。即使是高功能水平孤獨癥兒童，其業余活動面或活動內容也是有限制的，不會做建設性的決策或提建設性意見。　
　　伴有其它疾病者如嚴重先天性心臟病、癲癇、肝腎損害、結節性硬化等預后較差，伴有聽力受損、特殊生活技能問題者預后較差。　
　　針對某些精神癥狀給予適當的藥物治療無疑也會影響他們的預后。美國學者Perry等人于1989年將70例孤獨癥患兒隨機分為氟哌啶醇治療組和安慰劑對照組，在經過6個月的觀察后發現，藥物治療組在改善癥狀和提高功能水平等方面都有顯著進步。　
　　早期訓練教育是孤獨癥得以康復的有效方法之一。其目的在于：改善其社會化行為，首先學會與家庭成員的相處和交往；盡可能多地教他們自理生活的能力，掌握生活實用技能和進一步學習的能力；培養滿足職業所需的基本能力；增加對社會生活的了解和探索的興趣。研究結果顯示，經干預后進入成年早期的孤獨癥患者大約5%不再依賴他人而找到某種有報酬的工作；10%患者癥狀改善但仍需要保護；25%取得進步但還不能獨立生活。McEachin等人在1993年對19例孤獨癥患者進行了一對一的行為訓練，每周訓練40個小時，訓練長達2年以上。結果顯示訓練組在IQ、社會適應能力、人際交往、行為和情緒癥狀、伙伴關系、同情心、家庭關系等方面都有改善，47%可進入普通學校上學。上海市心理咨詢中心兒童心理咨詢部正在開展一對一的訓練，以幫助孤獨癥兒童早日康復。