但由于科研經費的監管、使用、審計等環節出現了問題，導致有的科研人員變相使用科研經費，甚至于貪污挪用科研經費。比如，有的科研人員從科研經費中報銷與科研毫無關系的其他費用，有的科研經費預算被挪作他用，更為嚴重的是出現了科研人員用科研經費包養二奶、養私生女等違法亂紀行為，科研經費已變成了任人宰割的"唐僧肉".對科研經費分配、管理和使用中存在的問題，必須引起我們高度重視，并采取切實有效的措施加以解決，切不可讓其成為"唐僧肉"，被肆意瓜分、嚴重浪費。

第一，加強宣傳，提高科研人員的學術道德水平，凈化學術氛圍。目前，一部分科研人員或者學術道德水平低下，或者急功近利等，沒有端正態度，進行學術造假、移花接木等不正常的學術活動，導致科研經費的極大浪費，同時，也給學術界帶來了負面影響。學術主管部門要加大學術道德宣傳力度，提高科研人員的學術修養，鼓勵科研人員認真負責地參與科研。要完善選人用人制度，改變只關注科研成果數量，忽視科研成果質量的做法，確保質量第一，這樣就能避免部分科研人員追逐名利，保證科研經費能用在實處。

第二，提高科研經費管理使用的公開透明度。在科研經費管理使用中，要對每個環節進行科學調研，制定出切實可行的科研經費管理使用方案，將經費評審、經費分配和經費管理過程向公眾公開，接受公眾的監督，還要充分發揮媒體與互聯網的作用，建立相關的科研經費信息共享平臺，防止科研經費管理中內部交易、暗箱操作、擠占挪用等行為的發生。同時，改變目前封閉的認定和評價方式，將所有的科研項目和成果，除涉及國家機密的外，全部向社會公示，接受社會的監督和評判。

第三，建立學術信用機制。學術信用檔案既是個人學術水平、學術道德的社會記錄，也是再次申請科研經費的重要依據。要將科研項目的評價結果和目標責任實施情況記入相關科研人員的學術信用檔案。科研機構要建立和完善科研誠信制度，加強對科研人員的教育和學術不端行為的監督檢查，引導科研人員嚴格自律。

第四，加大對科研經費使用的監管懲治力度。力求每一筆科研經費的用途和去向都審查清楚，同時加大科研人員濫用和挪用科研經費的問責力度。一旦發現濫用和挪用科研經費問題，應當視情節和后果取消相關科研人員的資格，取消科研項目，追回被濫用挪用的資金，如果情節嚴重則給予相應的紀律處分，構成犯罪的移交司法機關依法處理。