結腸內阿米巴是人體腸道最常見的共棲原蟲，不致病。滋養體直徑10～50μm，略大于溶組織內阿米巴。胞質呈顆粒狀，內外質不分明，活動遲緩。內質含大量細菌、酵母菌及淀粉粒等食物泡，但不含紅細胞。具有鑒別意義的核，經鐵素木素染色后可見核周染粒粗細不勻，排列不齊，核仁稍大，經常偏位。包囊球形，直徑10～30μm或更大，明顯大于溶組織內阿米巴包囊。胞核4～8個，成熟包囊偶有超過8個者。核亦能在未染色的活體中見到。

　　未成熟包囊常有較大的糖原泡。擬染色體常不清晰，似碎片狀，兩端尖細不整。生活史與流行情況與溶組織內阿米巴相似，成熟包囊經口感染宿主，除人外，鼠、豬、犬等動物腸內亦發現有寄生。呈世界性分布，在我國與溶組織內阿米巴平行分布，感染率高于后者。發現結腸內阿米巴時有必要繼續尋找痢疾阿米巴。