引起小兒腹瀉的病原種類很多，根據全國各地資料報道我國感染性腹瀉病的主要病原為致瀉性大腸桿菌、志賀氏菌、空腸彎曲菌、沙門氏菌、輪狀病毒，仍以細菌性病原為主（城市57.6%，農村占64.9%）

　　細菌

　　1.致瀉性大腸桿菌：包括致病性大腸桿菌（EPEC）、產毒型大腸桿菌（ETEC）、侵襲型大腸桿菌（ELEC）、出血性大腸桿菌（EHEC）和粘附性大腸桿菌（EAEC）。

　　2.空腸彎曲菌：人類腹瀉中約有3-4%由此菌引起，健康人帶菌約1%，空腸彎曲菌腸炎好發于5歲以下兒童。

　　3.鼠傷寒沙門氏菌：是感染性腹瀉病的重要病原，近年來呈廣泛流行，傳染性強，癥狀嚴重，治療困難，病死率高。

　　（二）病毒：60年代初期，我國就有“秋季腹瀉”流行，均認為系病毒引起，實際上當時把病因不明的腹瀉均認為病毒性腹瀉。由于經濟和衛生狀況的改善和防治工作的不斷提高，病毒性腹瀉所占比例會越來越大。

　　1.輪狀病毒：1973年澳大利亞學者Bishop在電鏡下于急性腹瀉患兒十二脂腸粘膜活檢標本中，發現上皮細胞內存在大量球形病毒顆粒，根據其類似車輪狀形態，1975年命名為“輪狀病毒”（Rota Virus），該病毒是引起嬰幼兒腹瀉的主要病原之一，估計全世界40%的感染性腹瀉病多由輪狀病毒所引起，因其多發生在秋冬寒冷季節，故亦稱秋季腹瀉。

　　2.諾沃克（Norwalk）病毒：是成人與年長兒流行性非細菌性腸炎的主要病因。

　　3.腸腺病毒：可引起腹瀉，正常人糞便中約5%亦能檢測出該病毒，對于其在腹瀉中的致病作用尚有爭議。

　　（三）其它：由于檢測技術的提高，隱孢子蟲感染的報道日漸增多，它是遷延性腹瀉病的主要病原之一。白色念珠菌是真菌性腸炎的主要病原體，多發生于營養不良及長時期應用抗生素的患兒，腹瀉易呈遷延性。