為革蘭氏陰性雙球菌，在急性期或早期患者腦脊髓液中，大多位于中性粒細胞內，呈腎形成雙排列，凹面相對。電鏡下可以觀察到自病人分離的毒性菌株有微莢膜和菌毛。培養條件要求較高，普通培養基上不生長，在含有血清或血液的培養基上方能生長，如經加熱（80℃以上）的血液瓊脂培養基（稱為巧克力血液培養基）。本菌為專性需氧菌，但初次培養時，在5～10%CO2低氧環境中生長最旺盛，最適PH7.0～7.4，最適溫度37℃，培養24～72小時后，菌落呈圓形、光滑、濕潤、透明、微帶灰蘭色。在血清肉湯中均勻生長。

　　本菌抵抗力弱，對寒冷、日光、熱力、干燥、紫外線及一般消毒劑均敏感。對磺胺、青霉素、鏈毒素、金霉素均敏感，但容易產生耐藥性。

　　根據腦膜炎球菌表面莢膜多糖抗原的不同，將本菌分為A、B、C、D、X、Y、29E及W135九個血清群，對人類致病的多屬于A、B、C群，我國95%以上病例為A群，有的地區發現B群和C群。X、Y、Z等經常在帶菌者中發現，極少致病。以根據外膜蛋白抗原（型特異性）將各血清群分為若干血清型。