感染乙型肝炎的病毒后必然會(huì)引起機(jī)體免疫反應(yīng)，從而產(chǎn)生不同的血清免疫學(xué)標(biāo)志物，目前認(rèn)為乙肝的發(fā)病機(jī)制與機(jī)體的免疫應(yīng)答密切相關(guān)，尤其是體內(nèi)的細(xì)胞免疫應(yīng)答，而機(jī)體的年齡特點(diǎn)決定機(jī)體的免疫系統(tǒng)成熟程度，嬰幼兒免疫系統(tǒng)處于一個(gè)發(fā)展過(guò)程，此時(shí)清除病毒能力差，因此容易發(fā)生免疫時(shí)受而慢性化。而成人免疫系統(tǒng)發(fā)育完整，很容易在短期內(nèi)進(jìn)行免疫清除，因而表現(xiàn)為急性乙型肝炎，當(dāng)機(jī)體免疫功能低下，不完全免疫耐受，HBV基因突變逃避免疫清除等情況時(shí)，亦可導(dǎo)致慢性肝炎，而當(dāng)機(jī)體處于超敏反應(yīng)，大量抗原抗體復(fù)合物產(chǎn)生并激活補(bǔ)休系統(tǒng)時(shí)，以及在大量炎癥因子參與下，可導(dǎo)致大片肝細(xì)胞壞死，即發(fā)生重型肝炎。

乙型肝炎病毒主要侵犯肝細(xì)胞，在肝細(xì)胞內(nèi)定居復(fù)制，因此對(duì)于乙肝患者發(fā)病時(shí)常常表現(xiàn)為肝功能異常，乙型肝炎的肝外損傷主要由免疫復(fù)合物引起，如急性乙肝可以致血清樣病變是因?yàn)槊庖邚?fù)合物沉積于血管壁和關(guān)節(jié)腔滑膜并激活補(bǔ)體所致，而慢性乙型肝炎時(shí)循環(huán)免疫復(fù)合物沉積在血管壁，導(dǎo)致膜性腎小球腎炎伴發(fā)腎病綜合征，臨床叫肝腎綜合征。