上尿路與下尿路結石的形成機制雖有一定差異但也有共同之處。結石形成的基本學說有數種，如腎的局部病損；過多尿石成分排泄沉淀學說；抑制因素缺乏學說；游離顆粒和固定顆粒成石學說；結石基質成分和基質的作用；取向附生和免疫機制學說等等。上尿路結石大多數為草酸鈣結石。

　　膀胱結石中磷酸鎂銨結石較上尿路多見。感染性結石是由于產生脲素酶的細菌分解尿液中的尿素而產生氨，使尿液堿化，尿中磷酸鹽及尿酸銨等處于相對過飽和狀態，發生沉積所致。細菌、感染產物及壞死組織亦為形成結石之核心。總之，尿液過飽和是尿石形成的能量來源，其形成的化學動力學大致為成核、生長、聚集和固相轉化等幾個階段。繼發性尿道結石是先在尿道上方的泌尿系統中形成，后排入尿道并停留在尿道內的生理膨大部位及狹窄部位，并引起梗阻性改變的一系列臨床癥狀。