肝癌的發病原因和發病機理，至今仍未明了。可能與慢性肝病（如慢性乙型肝炎，丙型肝炎，肝硬變），某些天然化學致癌物質（如亞硝胺類化合物，有機氯殺蟲劑等）以及其它因素（如肝內寄生蟲感染、營養不良、遺傳）等有關。其確切病因，有待進一步研究。

　　原發性肝癌的大體標本的觀察通常可分為三型；即巨塊型、結節型和彌漫型。巨塊型為單個癌塊或多個癌結節融合而成，多見于肝右葉，較少伴發肝硬化，手術切除的機會較多，預后亦較好。但由于癌塊的迅速生長，易發生中心部位的壞死、出血，在臨床上可有破裂出血等并發癥。結節型最為常見，為多個結節性癌灶，大小不一，分布廣泛，有半數以上病例波及全肝，大多伴有較嚴重的肝硬變，手術切除率低。彌漫型最少見，為廣泛分散的小結節癌灶，肉眼下難于與肝硬變結節區別，無法進行手術切除。

　　原發性肝癌根據組織學觀察可分為肝細胞型肝癌，膽管細胞型肝癌和混合型肝癌三種。以肝細胞型肝癌最多見，占85%以上，且大多數伴有肝硬變。根據癌細胞分化程度，將肝細胞型分為四級，高分化為Ⅰ級，中度分化為Ⅱ級和Ⅲ級，低度分化為Ⅳ級。以中度分化為多見。癌細胞分化程度不同，產生甲胎蛋白能力各異，對臨床診斷和治療效果都有一定影響。